জ্ঞানবাপী মসজিদের ভিতরে কী আছে তা নিয়ে রহস্যের শেষ নেই। ASI-এর গ্রাউন্ড-পেনিট্রেটিং রাডার প্রযুক্তিকে ব্যবহার মসজিদের কাঠামোর নীচে দশটি সেলার খোলা হয়। সেখানে দেখা যায়, মসজিদের বেসমেন্টের উত্তর ও দক্ষিণ অংশে পাঁচটি করে কক্ষ রয়েছে। এর মধ্যে আটটি সেলার সিল করা হয়েছে এবং মাটি দিয়ে ভরাট করা হয়েছে যা আর খোলা যাবে না। অন্যদিকে বর্তমানে দুটি সেলার ব্যবহারযোগ্য, যার মধ্যে একটি হল ব্যাস জি কা তেহখানা।