সন্দেশখালি মামলায় সুপ্রিম কোর্টে জোর ধাক্কা রাজ্যের। সিবিআই তদন্ত চলবে বলে জানিয়ে দিল শীর্ষ আদালত। এই মামলায় সিবিআই তদন্তের নির্দেশ দিয়েছিল কলকাতা হাইকোর্ট। সেই রায়ের বিরুদ্ধে সুপ্রিম কোর্টে আবেদন করেছিল পশ্চিমবঙ্গ সরকার। মামলার শুনানিতে সিবিআই তদন্তে হাইকোর্টের নির্দেশ বহাল রেখে সুপ্রিম কোর্ট সরকারকে প্রশ্ন করে ৫০ দিন ধরে কেন গ্রেফতারের ব্যবস্থা নেওয়া হয়নি? জবাবে রাজ্য সরকারের আইনজীবী বলেন, আদেশে কোনও স্পষ্টতা ছিল না। কারণ আদালত তদন্তে স্থগিতাদেশ দিয়েছিল। সব শুনে শীর্ষ আদালত সিবিআই-এর কাছে তদন্ত হস্তান্তর এবং শাহজাহান শেখের হেফাজত সিবিআই-এর কাছে হস্তান্তরের নির্দেশে হস্তক্ষেপ করতে অস্বীকার করে। রাজ্য সরকারের জন্য একমাত্র স্বস্তি হল সুপ্রিম কোর্ট হাইকোর্টের নির্দেশে রাজ্য পুলিশ এবং সরকারের বিরুদ্ধে করা পর্যবেক্ষণগুলি মুছে ফেলতে সম্মত হয়েছে।
বিচারপতি বিআর গাভাই এবং বিচারপতি সন্দীপ মেহতার বেঞ্চের সামনে পশ্চিমবঙ্গ সরকার বলেছিল যে রাজ্য সরকারের বিরুদ্ধে তদন্তে বিলম্ব করার অভিযোগ আনা হয়েছিল। যেখানে আমরা অভিযোগ নথিভুক্ত হওয়ার প্রথম দিন থেকেই তদন্ত করছিলাম। রাজ্য সরকার বলেছে যে মিডিয়ার চাপের কারণে হাইকোর্ট এই সিদ্ধান্ত নিয়েছে এবং তদন্ত বন্ধ করে দিয়েছে। সরকার জানায়, অভিযুক্ত শাহজাহান শেখকে ২৯ ফেব্রুয়ারি গ্রেফতার করা হয়, এরপর থেকে তদন্তে গতি এসেছে।
৫ মার্চ সন্দেশখালিতে এনফোর্সমেন্ট ডিরেক্টরেট অফিসারদের ওপর হামলার ঘটনায় অভিযুক্ত তৃণমূল কংগ্রেস নেতা শেখ শাহজাহানকে সিবিআইয়ের কাছে হস্তান্তর করার নির্দেশ দেয় কলকাতা হাইকোর্ট। প্রধান বিচারপতি টিএস শিবজ্ঞানম এবং বিচারপতি হিরন্ময় ভট্টাচার্যের ডিভিশন বেঞ্চ সম্মত হয়েছে যে রাজ্য পুলিশ পুরো পরিস্থিতিকে আন্ডারপ্লে করেছে। কারণ শেখ শাহজাহান ২৯ ফেব্রুয়ারি গ্রেফতার হওয়ার আগে ৫০ দিনেরও বেশি সময় ধরে পলাতক ছিলেন। এর পরে, পশ্চিমবঙ্গ সরকার হাইকোর্টের সিবিআই তদন্তের রায়কে চ্যালেঞ্জ করে সুপ্রিম কোর্টে আবেদন দায়ের করেছিল।